科学在20世纪的中国思想界占有了压倒一切的地位，无论最保守的还是最激进的都曾经统统拜在科学的权威面前，乞求它的支持。太虚对科学的心态是矛盾的，作为佛教思想家，他本能地站在所谓东方精神文明一边，指斥西方科技文明，特别在第一次世界大战期间及战后。但他也批评东方文化的弊病——迷信鬼神，苟且消极，顽固惰性；肯定西方文明的利用厚生，积极奋斗；（《大乘与人间两般文化》肯定“科学之经验”，认为一切学问都源于经验，表示了接纳科学的意向。（《人生观的科学》）他还关注着当时科学的最新成就，如爱因斯坦的相对论，他认为近于佛学的“缘成论”。又如生物学研究的新进展，他认为近于佛学的“业感论”。在读秦斯《现代物理之新宇宙观》时，太虚对其“认识波”的阐述表示赞赏。由于传统物理和化学的界限被打破，生物学与化学有融合，创立新学科的趋向，太虚备受鼓舞。的确，按照佛教的业力说，人类是众生的一部分，众生又是自然界的一部分。在整个宇宙间，每一个人犹如处在巨大无比的引力与幅射力的场中，既受前人（包括自己以往）和环境的影响，又自觉或不自觉地影响着后人（包括自己的未来）和环境。人生也好比在这个场中进行着消耗与积聚、激发能量的竞赛，有的人是消耗能量的无底“黑洞”，有的则是发散能量的闪光亮点。太虚还对张化声教授运用现代物理学、天文学、化学、生理学、心理学等学科观点阐发古老的佛教俱舍论、色空论非常欣赏；为王季同教授之《佛学之科学的说明》作跋文，对他们备加鼓励。不过太虚认为，自然科学的实验手段主要是人类的视觉、听觉的延伸，而以人类的嗅觉、味觉、触觉还缺乏实验手段加以利用，意觉（唯齐识学的第六识）的开发更少。他指出佛法特别是参禅的方法，能够扩充科学的手段，使之从感觉深入到意识。他朦胧感到科学会由于成就巨大而陷于偏执，这就是当代所谓唯科学主义。保证科学主义的实质就是把局部的经过验证的知识扩大为普遍的唯一正确的价值观。太虚也想到了用科学的方法研究整理佛学。他说大藏经可以作为各门科学研究的对象，而且各门科学都可以从自身立场出发去研究，研究所得又构成佛教心理学、佛教历史学一类的新学科，这些新学科可以丰富科学知识体系，启发专家学者；专家学者也由此了解了佛学。太虚那对科学高度开放的态度同时也体现了他对佛学感召力的自信。他最后说，由此累积，佛学乃成乘科学之哲学，佛教乃成科学之宗教，用这样的科学的宗教哲学综合现代各种思想，就可以建立现代人类的新信仰。这样的提法就宗教思想家的立场来说，是无可指责的。然而佛教从根本上无需乞求唯科学主义的权威支持。宗教体验和科学实验是两码事，宗教、科学、哲学、艺术等都是人类认识世界的不同的独立途径，这些途径有时也有交叉，但主要是从不同的侧面促进了人类认识的扩充和深化，可以说是“道并行而不悖”；硬性要把它们合并，恐怕又要落入中国传统的“道必归于一尊”的巢臼中去了。真正的完全的“一”，只存于理想和终极中，人类最大的可能也就是不断地接近它。
　自1840年以来，基督教对中国文化的冲击日甚一日，特别是有用近代化的办教育、文化、慈善事业的手段与佛教争夺中国本来薄弱的信仰资源，也迫使中国佛教不得不改革。太虚早年对基督教的了解较为肤浅，他宣扬无神论，反对基督教义，认为无神即无造物主，无上帝，亦无灵魂，一切都归结到佛法根本的“无”之上。20年代，他极力支持张纯一佛化基督教，认为将来佛教可以统一世界宗教，这亦基于佛法比基督教义高明的一贯看法。然而至少在1925年，宗教多元化思想也萌生了。在《我的宗教观》一文中，他否定了自己以前认为至世界大同，宗教就会消亡的见解，提出只要人类不满足现状，追求无限与永恒，宗教就会长存。只要人类有多种多样的的愿望和要求，宗教就不可能性能统一。这是与基督教和平竞争，平等对话的思想基础。他提出的佛教回报社会，服务人群理念也有借鉴基督教，与基督教竞争的意味。1928年出访欧美，经与欧美宗教学术界广泛接触，他对基督教有了新的认识，在回国后提出的《建议现代中国僧制大纲》中，很明显地借鉴了基督教神学教育培养牧师的做法。但他仍坚持因近代科学的进步，基督教“在科学理智上已难成立其信仰”，这表明他对较多地接纳科学理性新教还不够了解。西方神学自从马丁·路德提出宗教改革以来，已获得长足的进展，诸如上帝论、基督论、人论、教会论、圣事论等领域主导倾向与中世纪相比，已发生根本性质的转换。换句话说，其现化性已经确立。此外，一神教信仰的坚定性，其教徒所获得的社会尊重，组织仪式的简单有效等。对这些，佛教均不能轻视。1938年，一方面由于全面抗战的爆发，英美基督教会同情节中国一中国基督教徒也投入了抗战；另一方面也由于太虚已开始纠正以往对基督教的片在简单的认识，以及在反宗教反迷信运动中，佛教与基督教处于同样的地位等原因，太虚毅然提出“中国需耶教与欧美需佛教”。他说，欧美人组织能力之养成，是与基督教信仰的普及以及教会的组织与仪式的训练分不开的。现在中国一般社会，亦需要基督教精神来改进。中国佛教也有借鉴基督教改进的必要。这是长期排外氛围的豪勇之举。在佛教与基督教关系改善的基础上，1943年1月14日，太虚与冯玉祥、于斌、白崇禧发起创立中国宗教徒联谊会。5月，该会正式成立，以“拥护抗战救国，尊重信仰自由，提高精神修养，励行社会服务，促进世界和平”为宗旨。太虚当选为四个常委之一，代表佛教；并与代表天主教的于斌主教建立了良好的个人关系，打开了佛教与基督教对话的通道。这一作法，对各大宗教携手，解决全中国和全人类未来面临的许多问题应有启示。
　　在第一次世界大战爆发后西方文化面临危机的一片呼嚣声中，在针对五四运动推倒孔家店的的击中，新儒家开始崛起。新儒家的开山祖梁漱溟不但把矛头对准新文化，而且对准佛教文化，尤其是佛教革新。由于梁氏钻研过佛教，他对佛教革新的抨击也格外有力，他以赞扬口吻对佛教文化的中伤好似软刀子割肉——不觉疼。1921年，他发表名著《东西文化及其哲学》，声称佛法高明，但不适合现下的时代。什么时代适合呢？那相当于康有为的大同世。然且不说大同世纯粹是乌托邦，就说未来吧，佛教既然没有现在也就没有了未来。同时他说改造佛教是不可能的，倘若可能，那改造成的东西便不再是佛教。梁漱溟说这一切，意在为儒学张目，而且有恢复儒学一尊的影子，因而排斥包括佛学在内的一切其他学说。由于儒家文化也是东方文化的重要组成部分，太虚对它极为优容，仅称梁氏张扬的儒学是“混沌为本”，只是强调佛法正适合现代。太虚从他的舍身为佛教，为苦难大众的菩萨心地出发，说现代正是芸芸众生被苦难煎熬至极的时候，正是梁氏所说的向外驰求的西方文明笼罩世界的时候，人们正需解脱苦难，正需向内寻求佛法真谛，所以佛法弘扬的时代就是现代。他还指出了梁氏“三法印”的偏执。宣称科学加佛法就能救中国。他说他主张的佛教革新并非改造佛教，而是去除其外来的污染，恢复本真。