1931年·民国20年　1月1日，在汉口律师公会讲《法与佛学》。而后经南京，晤梅光羲，去宝华山。16日，在沪出席中佛会常委员议后即赴厦门。23日，在厦门武荣中学讲《释迦牟尼的教育》，在中华中学讲《亚欧美佛教之鸟瞰》。2月，在涌莲精舍讲《唯识三十论》、15日，作《（梅光羲）〈相宗新旧两译不同论〉书后》。21日。撰《成实论大意》。28日－3月6日，在闽院讲《大乘宗地图》、《学僧修学纲要》。4月1日，在南京讲《法与人之研究》。8－10日，至沪出席第三届全国佛教徒代表大会，发《告全国佛教徒代表》书，担出不能振作起来贯彻本会宗旨的佛教会不如取消。如要续办，必须改选。最后改选结果，太虚及其追随著获得胜利，随即接管中佛会领导权，总办事处迁移南京毗庐寺。太虚作《由第二次庙产学运动说到第三届佛教徒代表大会》。5月，南京政府召集“国民会议”，太虚发表《上国民会议代表诸公意见书》，提出保护寺产的建议，经九世班禅活佛提案，会议通过。后（8月日）南京政府公布维护寺产之明令。在此期间，太虚于南京多次讲经及《佛学与国术》、《现代人生对于佛学之必要》，并因江浙诸寺拒绝与新选出的中佛会领导机构合作，提出辞去中佛会执行委员职务，但仍被挽留。6月21日，主持中国佛学会改组。28日，离宁赴北平。7月1日，于华北佛教居士林讲经。后又讲《从世界危机说到佛教救济》、《念佛往生的原理》、《佛教应办教育与僧育》、《从中国一般教育说到僧教育》。2日，发出退职（中佛会执委）通告。3日，于柏林教理院讲《僧教育之目的与程序》，后又讲《大乘宗地图释》，为华文佛法之总纲。约同时，在协和医院华文学校讲《宗教对于现代人类的贡献》，在弥勒院佛教学校讲《现代学僧毕业后的出路》。9月1日，以十六省水灾，武汉尤剧，作《告武汉民众书》、《敬请全国僧寺努力救灾启》等。18日，作为《为沈阳（九·一八）事变告台湾朝鲜日本四千万佛教民众书》，号召佛教徒反对侵略战争。28日，离开北平。30日，在郑州讲《从地理上交通的中心说到国家社会的中心》。10月2日，在开封河南佛学社讲《显示真实相所开的三重方便门》。3日，于河南省立水利工程学校讲《对于学生救国之商榷》。4日，在河南大学讲《佛法之四现实观》，在开封各界人民欢迎大会上讲《中国之危机及其救济》。10日，经洛阳、临潼（均小留）至西安。11日－12月8日，在西安讲经、讲学，讲学内容主要有《西安佛教复兴之希望》、《佛教对于中国文化之影响》、《心理革命》、《旧新思潮之变迁与佛学之关系》等。并在10月16日召开的慈恩宗寺创立会上被推举为宗长，后又被推为西安崇仁寺住持。12月中旬，经南京回上海。在沪与玉慧观等筹建佛慈药厂，撰《汉藏教理院（成立）缘起》。北平柏林教理院因日本侵华影响而停办，太虚命其弟子回武昌佛学院。
　　1932年·民国21年　1月，游奉化雪窦寺。后去普陀山，指导成立南海佛学苑。3月13日，普陀山僧众公仪奉禅那庵为供太虚休憩，改名“太虚兰若”。18日，作《因辽泸（一·二八）事件为中日策安危》。4月5日，作《评印顺共不共研究》。6月12日，于南京讲经。20日，作《佛教纪元论》。25日－7月17日，在武汉讲弘法。31日，在庐山大林寺第三次举办暑期讲演会，开讲《佛学讲要》。8月，经汉口去重庆。20日，在缙云山主持汉藏教理院开学典礼，以“澹宁明敏”为院训。9月，在重庆讲《人性之分析与修证》、《人性之分析与治理》、《佛学与宗教哲学及科学哲学》，后回武汉。23日，于武昌文化公学讲《如何建立国民的新道德》。25日，主持世界佛学苑图书馆（原武院）开幕。馆内设研究部。约同时，讲《贤首学与天台学比较研究》。10月8日，出任奉化雪窦寺住持。25日赴厦门。在厦门先后讲《现代僧教育的危亡与佛教的前途》、《新青年与救国之新道德》、《法相唯识学概论》、《佛教的教史教法和今后的建设》。12月3日，以任满辞去南普陀寺住持职。10日，抵汕头，讲《存心与择法》。13－15日，在潮州讲经讲学。17日回厦门。23日，在闽院讲《大乘本生心地观经》。25日，为厦门各界授归依，发起成立慈宗学会。约同时作《略评（熊十力）〈新唯识论〉》。
　　1933年·民国22年　1月1日，在厦门为庆祝元旦作开示。18日，作《慈宗要藏·叙》。约同是，应厦大心理学会之请，讲《梦》。2月1日，在思明县佛教会讲《学佛先从人做起》。28日，离闽赴泸。3月12日，于上海永生无线电台播讲《佛法大意》。1日，至雪窦寺讲经。拟改该寺为世界佛学苑禅观林，起草《禅观林大纲》。并作《论教育部为办僧学事复内政部咨》。后至宁波。5月5日，在沪作《现代佛教周刊之路向》。6日，于世界佛教居士林讲经。7日，于永生电台播讲《佛教与护国》，发通电“劝全国佛教青年组护士国团”，或从军抗暴，或募捐，及组织救护队、慰劳祈祷队、运输队等。13日，慰问谭云。14日，致电印度人民领袖甘地。时甘地正为争取“贱民”权利绝食，谭云山追随。同日于南京中国佛学会讲《三十唯识论》。31日，游常熟。6月7日，至宁波讲唯识。22日，至汉口讲经。30，巡视新成立的武汉尼众八敬学院。7月26日，偕戴季陶游庐山。30日－8月13日，就大林寺举行金刚法会，讲《金刚经》等。13日续开讲演会，讲《发扬中国文化与佛教以救国救世界》。9月2日，至武汉。24日，于世苑图书馆讲《世界佛学苑之世界佛法系统观》。10月1日，于汉口总商会讲《怎样来建设人间佛教》。11月18日，在杭州灵隐寺讲经。24日，在之江大学讲《宗教构成之元素》。26日，返奉化雪窦寺。12月17日，作《达赖逝矣，西藏将奈何》。是年秋冬，作《论大学教授救国宣言》、《世运之转机》、《内政部今颇注意佛教》、《甘地运动的成败关系世界文化》、《告暹罗国民》、《怎样平世界两个不平》等文。
　　1934·民国23年　1月3日，至镇海永宁寺讲经。5日，至慈溪金仙寺讲《由诸行无常求合理的进步》、《怎样赴龙华三会》。7日，游五磊灵山寺，鼓励静安等重兴延庆寺。8日，游慈溪普济寺。9日，重游汶溪西方寺、净圆寺。11日，出席宁波延庆寺交接仪式，静安任住持。嗣回雪窦寺。作《王师愈诤潮中的闲话》，总结王弘愿与曼殊揭谛之争。2月14日，于雪窦寺讲经。4月3日，在杭州。9日，由沪抵宁，晤九世班禅。10日，于中国佛学会讲《佛法建立在果证上》。14日，至延庆寺讲经。约同时，作《斗争坚固中略论金刚法会》、《〈梵网经〉与〈千钵经〉抉隐》、《佛法一味论之十宗片面观》，赞密法之行证。20日，游横溪金峨寺。5月，抵杭州参加班禅主持的时轮金刚法会。6月5日，至宁波阿育王寺举行药师法会，提倡东方净土。7月14日，抵庐山。27日，于大林寺讲《从慈悲为本方便为门以明〈孛经〉大旨》。8月12－29日，再次举行暑期佛学讲习会。31日，在武昌讲经。9月5日，讲《世苑图书馆之修学方针》。15日，在汉阳讲经。19日，应湖北省教育院约，讲《中国文化与复兴农村》。20日，于湖北第一模范监狱讲《由人至成佛之路》，于美术学术讲《佛教美术与佛教》。21日，于东方文化研究院讲《唯生哲学》。后又作《（陈立夫）〈唯生论〉书后》。22日，于应城讲《佛法根本义与时局之关系》。24日，欧洲第一届佛教大会在伦敦召开，作《欧洲佛教大会的论诤》。27日，离汉返沪。10月6日，于沪讲《应注意蒙藏间文化和国防》。16日，游南京鸡鸣寺。19日，至丹徒，为会音寺僧众作开示。经镇江，于红十字会讲《佛法无边》。25日，于浙江丽水仁寿寺讲经。后回雪窦山。11月7日，曾至奉化中塔寺讲经。