1939年·民国28年　　1月，作《佛教的护国与护世》。25日，至贵阳。27日，在贵州省佛教会举行的欢迎会上进《成佛救世与革命救国》。31日，作《〈唯生论的方法论〉书后》。2月3日，为贵州名人徐露园等谈《学佛与佛学》。4日，于贵阳民教馆讲经，遇日机轰炸而被迫中止。6日，贵州诸名人祝贺太虚五十寿辰，重庆、上海、汉口、西安、香港、仰光、曼谷等地均有庆祝仪式，贺电纷至。14日，抵昆明。15日，在云南省佛教会举行的欢迎会上讲《几点佛法的要义》。3月4日，与云南省政府主席龙云晤谈。7－11日，于昆明西山云栖寺讲经。其间曾营救被捕的转逢等。19日，在该寺开始写《自传》。25日，在云南军医学校讲《万有皆因缘所生》。26日，出席常惺追悼会。4月3日，作《复亦幻书》，论革新及复兴佛教中产生的一些问题。20日，与云南佛教界人士会商改组省佛教会带宜。5月26－28日，于云南省佛教会会址讲经。30日，应云南大学哲学研究会讲，讲《唯物唯心唯生哲学与佛学》。6月11日，于省佛教会会址召开佛学研究社第一次研究会，该社奉太虚为导师。18日，与禄介卿会谈整顿鸡足山佛教事宜。7月7日，出席云南省各界“七·七事变”两周年大会，讲《七七纪念的两个特点》。31日，被推为国际反侵略大会中国分会名誉主席。8月2日，被推为欢迎尼赫鲁大会顾问，病中勉撰《欢迎印度民族领袖尼赫鲁先生》。16日，云南省佛教会召开理、监事联席会议，公推太虚为整理鸡足山佛教导师。24日，云南省僧众救护队成立，太虚讲《服务国家宣扬佛教》作为训词。26日，云南省佛教会举办护国息灾法会，太虚讲经。9月8日，派遣妙乘、谛闻去鸡足山。15日，晤陈定漠，商议筹建鸡足山佛学院事。17日，出席云南省佛教会召开的云栖慈幼院发起人会议。是年春，太虚作《（日）占海南岛之威胁与对佛教国之诱略》，揭穿日本军国主义利用佛教，蛊惑东南亚的策略，主张组织国际佛教访问团，联络东南亚各国佛教徒的感情，争取各国对中国抗战的同情。后谢健在国民参政会上提出的有关提案获得通过，国民政府函聘太虚为佛教访问团团长。10月15日，太虚返重庆为出访作多方准备。在国际反侵略协会中国分会举行的欢送会上，提出“武力防御与文化进攻”。27日，重返昆明。11月10日，就出访东南亚在昆明举行记者招待会。14日，从昆明出发并通电全国。18日，经鸡足山暂留。21日，出席鸡足山佛教会会议，被推为佛学院筹备主任。30日，抵缅甸腊戌。12月1日，在腊戌各界组织的欢迎会上，与欢迎会主席宇炳那沙美晤谈中顷佛教相互传弘学习。4日，云南芒市土司方裕之来访，太虚建议发起成立滇西特区佛教会，以联络云南上座部佛教与汉传佛教。6日，抵缅甸瓦城，受到盛大欢迎，随即拜访僧王达道那。7日，瞻仰当地佛教胜迹，出席华侨与印、缅方联合举办的欢迎会。10日，抵仰光，欢迎盛况空前。14日，拜访缅甸第一上座阿兰陀耶，出席仰光佛学会、佛学青年会联合讲演会，讲《中国佛教与青年》。后连日瞻仰胜迹，与缅甸政、教领袖会晤，讲演。21日，出席中缅佛学会会议，商议讲学、编印中缅文佛教杂志、创设巴利文学院。复于市政厅讲《佛教的国际运动》。27－30日，赴缅甸各地访问。
　　1940年·民国29年　1月11日，抵加尔各答，受到各界欢迎。12－29日，出席各地欢迎会，瞻仰佛寺与佛陀遗迹，与印度政、学名人晤谈，发表讲演等。31日，与尼赫鲁谈。2月13日日，与甘地晤谈。这两次会晤对中印人民及佛教友好交往有深远影响。24日，抵锡兰（今斯里兰卡）科伦坡，受到锡兰首相、科伦坡市长等欢迎。25－3月23日，访问锡兰各地，锡兰佛教徒大会主席马拉拉锡格喇全程陪同。太虚与马氏商谈中锡佛教界联络办法时，倡议建立世界佛教联合会，获得其赞同。这是世界佛教友谊会成立的先声。27日抵新加坡。4月1日，至马来亚（今马来西亚）吉隆坡。3月，抵槟城。11日，至马六甲。12日，返新加坡。连日多所讲演。19日，发表《告日本佛教徒书》。28日，抵越南要西贡。5月2日，抵河内。4日，返昆明。国际佛教访问较圆满地结束。20日，在云南大学讲《出国访问经过及世界三大文化之调和》。在昆明期间，太虚答复了僧青年所问，主张现代僧青年应深入丛林寺院，以影响与改造之，不宜另创僧团。认为政教应分离，保持僧伽之超然地位。21日回重庆。曾受盛大欢迎。6月16日，田汉来缙云山，对太虚访问东南亚的成果颇加赞叹。17日，在汉院讲《从巴利语系佛教说到今菩萨行》。夏，主持汉院第二届学僧毕业典礼，讲《毕业与休假》。7月7日，在《大公报》上发表《精神团结与佛教之调整》，主张佛教界应整顿，面貌须刷新。社会“向来歧视佛教、轻蔑佛教之观念”也当有“彻底改变”。同时，在汉院举办暑期训练班，除聘请林语堂等讲学外，太虚亲讲《我的佛教改进运动略史》，提出建立“菩萨学处”，即树立模范道场，推动佛教改革。并续讲《我怎样判摄一切佛法》，为“人生佛教”确认教理依据。20日，四川省佛教会通电全国，号召拥戴太虚领导，组织有活力的中国佛教会于重庆（时在沪的中佛会领导机构名存实亡》。嗣获湘、滇、陕各省佛教会的响应。9月23日，在缙云山召集座谈会，集体研讨“在近代思想趋势下，佛教能不能存在？”秋，于汉院续讲《真观实论》。11月25日，派遣等慈前往芒市，代表太虚推进滇边特区佛教会会务。
　　1941·民国30年　　1月1日，于汉院讲《庆祝胜利年的新的庆祝意义》。6日，汉藏教理院、中国佛学会等五团体于缙云山举办欢迎会，太虚主持，欢迎缅甸记者团来访。10日，指导发起设立“太虚大师学生会”，提出对其学生的要求，希望“人尽其才，才尽其用。”11日，设“中国佛教会整理委员会预备处”于重庆狮子山慈云寺。2月15日，于重庆中央广播电台播讲《出钱劳军与布施》。3月，与康寄遥函商拟办世界佛学苑巴利三藏院于西安大兴善寺。在中华大学讲《菩萨的政治》。4月，因病回缙云山静养。5月5日，筹备多时的滇边特区佛教联合会成立。6月21日，作《时论摘评》及《阅竞无居士近刊》。是月，曾于汉院讲《诸法有无自性问题》。7日，作《抗战四年来之佛教》。8月底，在重庆朝野举办的华严法会上讲《建立人间的永久和平》。9月，汉院开学，讲《文武群已事器一致的教育》。秋，在汉院续讲《真现实论》，仍未竟。冬，贵州高峰山僧俗愿以寺院供太虚办菩萨学处之用，太虚拟订《菩萨学处简章》，命止安先生接收筹备，因环境不良未果。是年，作《改进藏族经济政治教育之路线》。
　　1942年·民国31年　1月2日，于缙云山召开座谈会，与王恩洋商榷“佛教对于将来人类之任务”。6日，于重庆钱业公会讲《佛学ＡＢＣ》。是月，为汉院学生讲《教旗颂》。2月15日，致电各省、县佛教会，呼吁继续支援抗战。3月8日，于国院广播大厦对缅甸佛教徒发表广播讲话。17日，于国际电台播讲《中印（文化关系）之回溯与前瞻》。约同时，指导冯明政筹设重庆佛慈药厂、慈云寺设立佛教中医慈济院。6月8日，为《菩提道次第略论》作序。11日，因各地拘逐僧人，侵占寺产之风又起，作《呈行政院维护寺僧》。18日，为汉院毕业生撰训词。7月1日，作《抗战五周年之新意义》。15日，作《（冯友兰〈贞元三书〉）简评》。夏，作《为支那堪布翻案》。与冯玉祥多所晤谈，郭沫若曾来访。10月27日，撰《议印度之佛教》。秋，于汉院讲《法性空慧学概论》、《天台四教仪与中国佛学》。秋，于汉院讲《法性空慧学概论》、《天台四教仪与中国佛学》。12月，虚云以主持“护国息灾大悲法会”顺便访问太虚。