虽如此，印顺法师说他与内学院又有不同，他认为支那内学院的佛学是“宗派的佛学，”[67]而他自己的佛学则是“不拘一家一派的佛学”。这是说“重知识”形佛教经学中有“还原主义”和“包容主义”两派，所谓“宗派的佛学”即类似于“还原主义”的佛学，而“不拘一家一派的佛学”则类似于“包容主义”的佛学。佛学经学研究中的“还原主义”立场是指确信只有一种佛学系统才能正确地表显佛教真理（缘起性空原理）并化导众生走向解脱，此外的系统则不能完全正确地或根本不能正确地诠释佛教真理，真正的解脱更谈不上。“包容主义”立场亦确信佛学所诠为缘起法、其归趣在接引众生获得解脱，但却反对只有某一教门能实现这一目的，因为缘起本身即无任何恒定本质的宇宙实相（此实相亦不可以对象性的方式获得），对实相来说，任何诠表系统都不过是一种方便显示，而对求解脱的众生来说，只要法当其机（适合于某一部分众生），便无不是究竟的解脱之道。同时，它坚持在众多佛学系统中有一种是最圆满的，其它系统都可以被统摄于该系统之下。
　　两者的差异不在于佛学所诠之理与所归之趣，而在于能诠之教。但由于所诠之理与所归之趣因能诠之教而得开显，这一差异使得两家虽同属经学研究，又在研究的方法、研究的重点以及对待不同宗派教理系统的态度等方面都体现出很大差异来。
　　（一）内学院的“还原主义”立场
　　内学院所持守的立场的确具有浓厚的还原主义色彩。欧阳竟无说，佛教只有从反面说“一切俱非而显法性”的空宗和“从旁面说”“二空所显”“真如”的有宗，[68]如果在“《般若》、《瑜珈》之上别立一宗”，则“理不可通，教其无据，是谓波旬，象恭滔天”。[69]这已将丰富多彩的佛学收缩为两门。而在空有两门之间，他又主张“两宗既立，各极其至，不可以相讥，法法不相知；不可以相淆，法法不相到”。[70]从论究各自系统义理结构、所立名相在各自系统中的含义等等方面来说，空有两宗确有不容混滥之处，但说两宗“法法不相知”、“法法不相到”，就更执有（唯识）不化了。试问：如后般若而起的唯识与般若“法法不相知”、“法法不相到”的话，唯识学从哪里开展出来？这不明显违背“此有故彼有”、“此生故彼生”的缘起法了吗？由此再走一步，必然独尊己宗。这一还原主义佛学观在他们的具体研究中体现得淋漓尽致。
　　他们的研究首先便是辟异端。吕澄先生曾说：“吾侪学佛，不可不先辟异端，以其讹传有损人天眼目之危险也。”[71]他们眼里的异端之尤是《大乘起信论》。《大乘起信论》是出现于梁陈之际的一部经典，对中国、朝鲜和日本的佛教思想的开展具有深远的影响，中国的华严宗、禅宗义根于它，天台宗于它亦深有所资。但是，自唐以来就有人怀疑此论非印度原典，而为中国人所造。近代以来，随着科学主义大盛，疑古之风遍及人文社会科学领域。《起信论》的历史真实性问题再度成为佛学界讨论的焦点。研究此一问题者，有的是进行纯粹学术探求（如梁起超），有的是否定中国佛教（如日本的许多研究者就是这样），有的则为排拒他宗。欧阳与吕澄师徒属于第三类。他们先考证《起信论》为中国人所作，属于伪论，[72]再以自己信守之教理判定其立论之妄。[73]自然，“义根《起信》”的天台、贤首也不过“反窃于外魔”之说。[74]不唯如此，在他们看来，“中观家说二谛，误落到对待上”，亦“实是大错”[75]。更有甚者，一代翻经大德法尊法师（1902--1980）因虑及汉传佛教典籍中没有慈氏（弥勒）五论之一的《辨法法性论》，便将它从藏文译本翻为汉文。欧阳竟无对之极为不满，连篇累牍地大张挞伐，指《辨法法性论》非弥勒学，[76]理由是：“一、论宗不合”；
“二、五论未决”；“三、无梵可核”；“四、译名有违”。其中最吃紧的是“论宗不合”和“译名有违”，关于前者，他说：明分取义，则知《中边》所说虚妄分别，有无并举，始能尽概，义不倾动。《辨法法性论》非有无并举，乌乎可立？[77]
　　论及后者，他更宣称：
　　旧译名词，精严未逮，自奘师刊定而后，百世译宗，无可改辙。……今译虚妄分别义，于总说分别之处，而以别说计度义译之，是则以别诠总，既异旧译之以总诠别，复异新译之以总诠总、以别诠别。新旧诸译皆无其例，颠倒解生，断乎不可，又何涉于学说之异同哉？[78]
　　法尊法师的翻译水准固可讨论，但欧阳竟无以译文义理不和玄奘传弥勒学、以译文概念与奘译有异而大破《辩法法性论》及其译者，就是还原主义思想的流露，这样的驳难自不能服人，宜乎法尊法师回敬道：说法之方便不同，立论之量式有异，则能诠所诠自别，此论有此论之胜义，彼论有彼论之妙理，何必强同？又慈尊于余经论所说胜义，其不同《中边》者多矣，若皆曰非弥勒学，凝不笑煞人耶？[79]
　　法尊法师以为，要是按照欧阳竟无的逻辑，整个佛教就只剩奘传唯识学了。熊十力先生曾对梁漱溟先生说：“竟师之学，所得是法相唯识，其后谈《般若》与《涅盘》，时亦张孔，只是一种趋向耳，骨子里恐未甚越过有宗见地。”[80]此诚为的论。不唯欧阳，吕澄亦如此。
　　熊先生所谓“竟师之学，所得是法相唯识”指以欧阳竟无和吕澄为代表的内学院对本宗奥义的穷究，这与他们辟异端是一体的两面。在这一面，内学院严守欧阳竟无所传“圣言至教量，应以经解经，一字不苟”
的经学家法，[81]一方面“整理旧存”，一方面“发展新资”，为唯识复兴于20世纪的中国做出了重要贡献。“整理旧存”包括两项，其一便是前述别真伪、辟异端，另一项是为佛教典籍“考订散乱”、“考订异译”、“论其短长”、“为之勘定”；“发展新资”亦含“借助藏文、梵文”和“广采时贤论”证成己论等内容。这些思想使得内学院的研究虽然属于“窄而深”的经学研究，但却具有强烈的融会新知的维度。内学院这些非常有价值的观念以及在此基础上取得的成就，我们也应看到。惟其深受还原主义立场支配，其成就中亦不能不混入浓厚的宗派主义偏见。[82]
　　这种典型的入主出奴之见无疑很难让深受多元主义理念浸润的现代人接受，有碍于经学研在现代的健康发展。有趣的是，清代儒家的经学研究也走过一断由健康发展到障碍自身的路程，不过它是以另一种方式体现出来的。当经师们沿着顾炎武（1613--1682）、戴震指出的“训诂”而“通经”而“明道”的理路研究儒家典籍时，他们的目的是明确的，本末也是清楚的；但当他们忽视了“训诂”的限度、模糊了“通经”的目的，以为像戴震所说“故训明则古经明，古经明则贤人圣人之理义明，而我心之所同然者，乃因之而明”，[83]则已忽视这样的事实：经的理（思想与思想所蕴含的价值观）虽然要通过“明故训”方能明，但并非明诂训就等同于明理，因为经之理并非一种存在于文献中等待摘取的死理，而是在与理解者相遇过程中才能呈现出来的具体的活理，如果理解者不能与经典达成意义上的一致性，则即便“故训明”也未必可称“义理明”。再往前，就堕入了舍义理而求训诂的极端文献主义，高明如戴震者亦不免发出这样的偏狭之论：今之学者，毋论学问文章，先坐不曾识字。……予弗能究先天后天、河洛精蕴，即不敢读“元亨利贞”；弗能知星躔岁差、天象地表，即不敢读“钦若敬授”；弗能辨声音律吕、古今韵法，即不敢读“关关睢鸠”；弗能考三统正朔、周官典礼，即不敢读“春王正月”。[84]